Profesionální flákači Scooby-Doo a Shaggy musejí vzít rozum do hrsti, aby odhalili největší záhadu bojových umění! Tým Záhady s.r.o. cestuje v honbě za pokladem přes půl světa, aby vyřešil sérii prastarých hádanek. Soupeří s pomstychtivým Černým samurajem a jeho strašidelnou armádou duchů, aby získali starobylý Meč osudu, jehož ostří má údajně podivuhodnou nadpřirozenou moc. Cestou dostanou Scooby-Doo a Shaggy výcvik od nepříjemného Mistra meče, který je vyškolí v "bushido”, cestě samurajů, a oni si své nové schopnosti rychle prověří v souboji s nezastavitelnou armádou robotů ninja. Na konci naši pronásledovaní hrdinové objeví, že klíčem k celému tajemství je právě "bushido”, zdůrazňující loajalitu, čest a odvahu.