Španělsko, 16. století. Doba útlaku inkvizice. V této době se ocitá Aguilar de Nerha, člen řádu Asasínů, organizace existenčně zasahující už do dob před narozením Krista, neustále bojující proti svým odvěkým nepřátelům, Templářům. Obě dvě strany znají pravdu a tvoří historii, aniž by prostý lid věděl, co se děje. Atentát na panovníka, Velká Francouzská revoluce, za vším tím mohly stát tyto dvě organizace, aniž by to někdo tušil. Ze začátku to neví ani Callum Lynch, ústřední hrdina filmu, dokud ho tajuplná společnost Abstergo Industries neposadí na křeslo se schopností ukazovat lidem genetické vzpomínky jejich předků a prožívat je. Callum se ocitá v mysli právě Aguilara, zároveň se ale stává součástí tajného plánu Templářů na získání tzv. Úlomků Ráje, mocných relikvií s mocí ovládat mysli lidí, které na naší planetě zanechala První Civilizace. Pokud se tyto prostředky dostanou do rukou Absterga, bude schopný si podmanit celý svět a zastavit ho můžou jen Asasíni...