Po mnoha letech, kdy byli skryti před lidským světem, se želví bratři rozhodli získat srdce Newyorčanů a být i díky jejich hrdinským činům vnímáni jako normální teenageři. Jejich nová přítelkyně April O’Neilová jim pomáhá v boji s tajemným zločineckým syndikátem, ale brzy jim to přeroste přes hlavu, když se na ně vlítne celá armáda mutantů.