V Japonsku roku 2029, v době, kdy každá část těla lze nahradit kyberimplantáty a většina lidí je neustále připojena k síti, vzniká speciální jednotka (sekce 6) určená ke stíhání hackerů. Když ovšem zatknou hackera, který si říká loutkař, zjistí, že to není člověk, ale pouze samoudržovací program zhotovený pro státní účely. Stojí tedy před otázkou, zda je tento program, který si vyvinul osobnost, bytost nebo ne.  Ghost in the Shell 2.0 je pouze remake původního filmu z roku 1995. Je překreslený do moderní animace a jsou přidány realističtější zvuky.(Mello)